Birlik tarafı açısından bazı gemilerin karaya oturmuş olması göründüğünden de kötü bir durumdu. Çünkü Birlik tarafı için en büyük problem muharebede amiral gemisi olacak geminin de karaya oturmuş olmasıydı. Birlik tarafında hemen yeni bir amiral gemisi seçildi ve muharebe için beklenilmeye başlandı.

Birlik tarafı için bir olumsuzluk daha baş gösterdi Konfederasyon tarafı kendi zırhlısı olan CSS Virginia’yı Birlik tarafının zırhlısı olan USS Monitor’dan daha önce suya indirip muharebeye sokmuştu. Yani muharebenin ilk anlarında Konfederasyon tarafı kağıt üzerinde çok daha güçlü gözüküyordu. 8 Mart 1862 tarihinde CSS Virginia Hampton Roads’a geldi. Bu şekilde Hampton Roads Muharebesi resmen başlamış oldu.