Hasankeyfin Osmanlı yönetimine geçmesini Eyyubiler ve Safevilerin arasındaki anlaşmazlığa bağlamak mümkün. 1500'lü yıllarda Eyyubi hükümdarı Melik Halil, Safevi hükümdarı Şah İsmail'in damadıydı. Ama yine de Safeviler sevmezdi onu. Aşiret liderlerinin kavgasında iki hükümdar karşı karşıya kalınca, Melik Halil Osmanlı müttefiki oldu.

Yavuz Sultan Selim'in bu bölgeye yaptığı sefer sırasında Eyyubi komutan İdris Bitlisi Osmanlılardan önce davranarak Hasankeyf kalesini çevirdi. Surdan içeri girmeyi başaran Eyyubiler savaşmadan kaleyi teslim aldı. Kalenin yönetimi Osmanlılar tarafından Melik Halil'e verildi. Ancak Melik Halil'in ölümünden sonra Osmanlı Beylerbeyi Hüsrev Paşa kalenin yönetimini aldı. Ve Hasankeyf tamamen Osmanlı sancağı oldu.