Alp Arslan Fatımi Devleti’ne karşı askeri sefer düzenlemekte de kararlıydı. Çünkü tam bir hakimiyet için askeri güç kullanması gerektiğini biliyordu. Ama Fatımilere saldırabileceği fırsatı ancak Fatımi Devleti içinde sürüp giden iç çatışmalardan bulabildi. Fatımilerden ileri gelen birisi Alp Arslan’dan askeri yardım isteyince Alp Arslan tüm Fatımi Devleti’ne saldırabileceği harika bir fırsat yakaladı.

Alp Arslan derhal çok büyük bir ordu toplayarak önce Anadolu’nun doğusunda ve güneydoğusunda kalan topraklara seferler düzenledi. Malazgirt Kalesi dahil olmak üzere çeşitli toprakları ele geçirdi. Alp Arslan’ın büyük bir ordu ile Anadolu’ya girdiği haberi Bizans içinde paniğe sebep olurken Alp Arslan ordusuyla güneye yani Suriye’ye yöneldi. Artık Selçuklu Devleti’nin askerleri resmen Fatımi topraklarındaydı. Alp Arslan bizzat kendisi ordusunun başındaydı.