İsyancı ordusu kısımlara ayrıldıktan sonra en seçkin birimler önde kalan isyancılar ise arkada olacak şekilde iki ana kısım halinde ordu Konya’ya ilerlemeye başladı. Bu ilerleme ise bugün Kırşehir’de bulunan Malya Ovası’nda Anadolu Selçuklu ordusunun bizzat kendisi tarafından karşılandı.

Kaynaklara göre Anadolu Selçuklu ordusunda kiralık olarak getirilmiş 1000 kadar Avrupalı şövalye bile vardı. İsyancı ordusu ise 6.000 kadar kişiydi. İki ordu arasında Malya Ovası’nda yaşanan muharebede Anadolu Selçuklu ordusu Avrupalı zırhlı şövalyeyi isyancıların üzerine ilk adımda saldırtarak isyancıların dağılmasını sağladı. Ardından neredeyse tüm isyancılar muharebe alanında öldürüldü. Neredeyse Anadolu Selçuklu Devleti’nin yarısını kasıp kavuran bir isyan olan Bab İshak İsyanı son derece kolay bir şekilde bitirilmişti. İsyanın Anadolu Selçuklu Devleti için en büyük bedeli ise bir isyanın ülkenin yarısına kadar yayılabilecek kadar güçlenebilmesi ve Anadolu Selçuklu Devleti’nin bunu zar zor durdurduğunun çevre devletler tarafından görülmüş olmasıydı.