Trabzon'un teslim olmasından sonra Fatih Sultan Mehmet, Trabzon Kalesine belli miktarda asker yerleştirdi ve İmparatoru, ailesini, akrabalarını ve memurlarını alarak Konstantinopolis'e yöneldi. İstanbul'a getirilen bu insanlar üç gruba ayrıldılar. Bir grup İstanbul'da yaşadı, bir grup sarayda köle oldu, diğer grupsa İstanbul dışındaki kırsallarda hayatını sürdürmeye devam etti. Böylece teslim alınan Trabzon'da da aslında isyanı örgütleyecek herkes Trabzon'dan da çıkarılmış oldu.

Savaşmadan alınan ve ele tutulan önemli bir şehir oldu Trabzon. Fatih Sultan Mehmet'in Trabzon'dan getirdiği çocuklar hakkında da belli başlı söylentiler vardır. Bazı tarihçiler 1500 tane çocuğu kendine köle yaptığını söylerken, bazı tarihçiler ise Fatih'in 800 tane erkek çocuğunu alarak onları Yeniçeri Ocağı'na yerleştirdiğini söyler. Yani Trabzon'dan alınan çocuklar hakkında da bir kargaşa söz konusudur. Dünün sonuna baktığımız zaman ise Fatih Sultan Mehmet yönetimsiz bıraktığı Trabzon'un başına kendi seçtiği bir valiyi atar. Ardından Konstantinopolis'e dönmüştür. Ancak tüm bu yapılanlara rağmen Trabzon'da bazı gruplar 10 yıldan fazla bir süre boyunca Osmanlı yönetimine direnmeye devam etti.