Kopernikçi yaklaşımın doğruluğunu görmüştü. Bunlar yüzyıllardır kilise dogması haline gelen dünya merkezli evren teorisine ters düşüyordu. 1611'de Vatikan'ı astronmi buluşlarıyla etkilemek için bir resmi ziyarette bulunmak istedi. Tehlikeli sulara açılmak istiyordu. Anca bu ziyarette bu çelişkiler görmezden gelindi ve ziyaret olaysız geçti. Papa V. Paulus'la görüşüp duasını ve desteğini aldı. Papalık makamı adına resmi görüşü bildirmek Kardinal Ballermine'in göreviydi. Birtakım matematikçi ve astronomdan görüş istedi ve Gallileonun görüşlerine teyid aldı. 1612 ilkbaharında Galileo'ya bir rakip çıktı. Apelles adındaki bu kişi Güneş lekelerini önce kendisinin gözlemlediğini ve bunların güneşin önünden geçmekte olan yıldızlar oldığını iddia etti. Galileo Apellese bir dizi cüretkar açık mektup yazdı. Bu mektuplarda Galileo, Kopernikçi yaklaşımın doğruluğuna inandığını itiraf ediyordu.

Din cephesinden ilk saldırı Tommaso Caccini adlı bir genç papazdan geldi. Papaz yerleşik öğeleri savunmadan butün olayları anlamaya çalışmanı n ahlaklı olduğunu söylüyordu. Bir başka peder konuyu Roma Engizisyonu'na götürdü. Engizisyoncular Kopernik öğretilerini aptalca ve sapkın buldu ve Kopernikçi yaklaşımın dillendirilmemesi ve tartışılmaması talimatı verildi. Aksi halde Galileo hapse atılacaktı. Karar Galileo'ya Kardinal Bellarmine tarafından bildirildi. Galileo kararı itirazsız kabul etti. Galileo'nun kitapları yasaklanmamış ama "dünya dönüyor" demek yasaklanıştı.

Budan sonra Galileo bir süre pratik bilime yöneldi. Mikroskop ile çalıştı ve böceklerin büyütülmüş görüntülerini inceledi. Ancak 1618'de geçen üç kuyruklu yıldızdan sonra ortaya atılan yanlış fikirler ve yeni bir Papa'nın gelmesi üzerine astronomiye yeniden döndü. İsim zikretmeden Kopernik Aristotales ve kendi görüşlerini tartışan üç karakterin anlatıldığı "İki Büyük Dünya Sistemi Hakkında Dialoglar" adlı bir kitap yazmaya başladı. Tartışmalar varsayımlar üzerinden ilerliyor ve kesin bir karara bağlanıyordu.