Babür’ün Kabil’de uzun süren yorucu muharebelerden sonra dostlarıyla sohbet etme, gazeller okuma, içki içme gibi dünyevi meselelerle günlerini geçirdiği dönemlerde, Şii Türkmenlerin büyük şahı Safevi Devleti kurucusu Şah İsmail, gücünü olabildiğince arttırmış ve Özbek sınırlarına kadar dayanmıştır. Özbekler ile sınır sürtüşmelerinin yanı sıra mezhep farklılığından kaynaklı sorunlar da yaşayan Şah İsmail ve Safevi ordusu, 1510 yılında İran içlerine taciz seferleri yapan Şeybani Han’a karşı harekete geçmiştir.

Horasan’a hükmetme gayesiyle filizlenen büyük husumet, iki orduyu karşı karşıya getirmiş, Tahirabad köyünde başlayan ve Merv’de devam eden uzun ve şiddetli çarpışmaların sonucunda Safeviler, Özbekleri mağlup etmiştir. Ordusu dağılan Şeybani Han, beraberindeki adamları ile kaçmaya çalışırken, nehirden karşıya geçtiği sırada düşüp boğulmuştur. Bu zafer sonrası Safevi Devleti’nin şanı ve Şiiliğin etkisi geniş bir alana yayılmıştır. Safevi Devleti’nin yükseliş sürecini yakından takip etmiş ve stratejik olarak Şah İsmail ile yakınlaşma gayesini içinde taşımış olan Babür, Safevilere olan bağlılığını ve muhabbetini belli etmiş, Şah İsmail’in Osmanlı Devleti’ne karşı kurmayı amaçladığı birliğin en güçlü müttefiklerinden olmuştur.

Şah İsmail, Şeybani’ye karşı kazandığı zafer sonrasında kendisine bağlılığından dolayı Babür’e kıymetli hediyelerle birlikte bir zamanlar esir düşen kız kardeşini - Hanzade Begim- göndermiştir. İran ordusundan kendi ordusuna takviye gönderildikten sonra bölgede iyice güçlenen Babür, Semerkant, Taşkent, Buhara ve Fergana gibi bölgeleri hâkimiyeti altına almıştır. Bu bölgeleri ele geçirme süreci ve sonrasında Babür inanışına ait olanı değil, Şii mezhebinin yayılmasına hizmet eden yaptırımları uygulamaya sokmak mecburiyetinde kalmış, üstünde Şah İsmail’in ve On İki Ehlibeyt İmamının adlarının bulunduğu paralar bastırmıştır. Babür’ün gelişi elde ettiği bölgelerde yaşayan halk tarafından oldukça hoş karşılansa da Şiiliğe hizmeti, zamanla yöre halklarının Sünni mezhebine tabii olmalarından dolayı tepki görmüş, iç karışıklıklara neden olmuştur.

Babür’ün İran ordusunun desteğini kaybetmemek adına, Şii geleneklerine uygun yönetim anlayışı halktan gördüğü desteğin azalmasına ve bazı Sünni askerlerin ordudan ayrılmasına sebebiyet vermiş, bu durumu fırsat bilen Özbekler saldırarak, Babür’ü Türkistan’ın dışına itmeyi başarmıştır. Babür’ün bu ani yükselişi ve düşüşü esnasında 1512 yılında Türkmen ordusu da Özbeklere karşı yaptığı savaştan yenilgiyle ayrılınca, Babür, Orta Asya’da ün ve güç anlamında günden güne gerilemeye başlamıştır.