İstanbul ele geçirildikten sonra Osmanlı Devleti'nin hem şehzade Orhan ile ilgili problemi hem de devletin ortasında kendilerini yıkmaya çalışan Bizans'ın varlığı ile ilgili olan iki problemi de aynı anda çözülmüş oldu. Bununla birlikte şehirde yaşayan hristiyanlar İstanbul'un alınmasından sonra kendi inançlarıyla özgürcü yaşamalarına izin verildi. Sadece hristiyanların silah kullanması ve atabilmesiye saklandı. Bunun da muhtemel sebebi verangi bir issen başlatma girişimlerini şimdiden önlemekti. Ama bunun haricinde hristiyanlara dokunulmadı ve hristiyanlar İstanbul'dan sürülmeden kendi inançlarınca özgürcü yaşamalarına izin verildi.

Fatih Sultan Mehmet'in İstanbul'a ilgili diğer bir büyük hassasiyeti ise Ayasofya'yla ilgili olmuştur. İstanbul alındıktan sonra bir kilis olan Ayasofya'nın camiye dönüştürülmesi ve içindeki mozayiklerin sökülmesi gerekmiştir. Ancak Fatih Sultan Mehmet, bunlara engellemek için Ayasofya'nın mozayiklerini kireçle kaplatmıştır. Yani mozayikler sökülmeden ölece durabilmelerini sağlamıştır orada. Camiye dönüştürmekle ilgili hususu ise şu şekilde hallettirmiştir. Geçici olan tahta minareleri Ayasofya'ya koydurmuştur. Bugün Ayasofya'nın görülen gerçek minareleri Fatih zamanında değil, ikinci Selim zamanında inşa ettirilmiştir. Buradan da Fatih Sultan Mehmet'in diğer kültürleri ve bilgilere karşı ne kadar duyarlı ve hassas birisi olduğunu görebiliriz. O kesinlikle diğer pek çok padişah'tan çok daha farklı birisiydi.