Babür, bu talihsiz olayın kendisinde bıraktığı korku ve tedirginliği, “yaşamın kıymeti ancak ölmek üzereyken bilinir” şeklinde ifade etmiş (Begum 11) ve Hindu aşçıları cezalandırarak, iç tehditlere karşı önlemler almıştır. Afgan emirlerinin gün aşırı isyan çıkartıp, iç karışıklığa neden olduğunu gözlemleyen Babür, oğlu Hümayun’u Afganların üzerine göndermiş, Hümayun ve adamları Afgan emirlerini yenerek kaçmalarını sağlamıştır. Çatlak sesleri bastırarak, siyasi otoritesini tam manasıyla kuvvetlendiren Babür’ün ordusuna, içlerinde Hümayun’un padişahlık döneminde Babürlülere en büyük sorunu yaratacak olan Şir Han’ın da bulunduğu savaşçı Afgan beyleri katılmıştır.

Babür ve ordusu, gerekli hazırlıkları tamamladıktan sonra, Rana Sanga’nın ordusuyla birlikte harekete geçtiği haberini alır almaz yola koyulmuştur. Fethedilen yerlerden asker toplanmış, bazı Hindu askerler de orduya dâhil edilmiştir. Hint ordusunun sayıca fazla oluşu ve kuvveti nedeniyle Babür, askerlerine savaş esnasında da gözlemleyeceğimiz dini maneviyatı aşılamaya çalışmıştır. Savaşın Allah yolunda kâfirlere karşı yapılacağı ve kazananın İslam olacağını tüm orduya aktarmakla ilgilenmiştir. Derin dini maneviyatla savaşılmadığında düşmanın kalabalık ordusuna karşı koyamayacağını iyi bilen Babür, bu söylemlerinin daha da etkili olabilmesi için alışkanlık edindiği içki içmeyi bırakmış, haram kılınan her şeyi terk etmiş ve “Ne zamana kadar günahlardan zevk alacaksın, tövbe tatsız değildir; onu da tat…” diyerek tövbe etmiştir.

Aynı zamanda Müslümanlardan alınan iç ve dış gümrük vergilerini de kaldırarak orduya katılım sayısını arttırmayı hedeflemiştir. Babür’ün ordusu ile Hindu-Afgan müttefik ordusu, rotaları üzerindeki birkaç şehri sınırlarına dâhil ettikten sonra 12 Mart 1527’te Agra yakınlarında Khanva’da karşı karşıya gelmiştir. Savaş iki ordunun da tahmin etmediği kadar hızlı ve tesirli başlamıştır. Babür muharebenin ilk anlarında çok fazla kayıp vermiş, ordusundaki Hindu askerler kaçmaya başlayınca azımsanmayacak güç kaybetmiştir. Sayısı 110.000 asker ve 500 fili bulan Hindu-Afgan ordusunun savaşın başlarında yarattığı tahribat, askerler arasında motivasyon düşüklüğüne neden olmuş, düşmanın elini sağlamlaştırmıştır. Aynı zamanda Muhammed Şerif adlı bir müneccimin Babür’ün muharebeye girişmemesini öngören çıkarımları, korkuya neden olmuştur.