Takiyüddin'in 21 Ocak 1580'de meydana gelen bu olaydan sonra neler yaptığı bilinmez. Ancak bir kayda gö­re, 1585 yılında hayata gözle­rini yummuştur. Rasathane­nin padişah emriyle yıktırıldı­ğı kesin olmakla birlikte, Kılıç Ali Paşa emrindeki donanma tarafından denizden topa tu­tularak yıkılması hakkında resmi bir belge yoktur. Rasat­hanenin tahmin edilen yerinin çok yakınlarında yerleşim bölgeleri olduğu göz önünde tutulursa, bu durum tartışma­ya açıktır.

İstanbul Rasathanesinin yeri konusunda kesinlik yoktur. Ata Tarihi'nde ve Hadikatü'l- Cevami'de yapılan bazı tasvirlerden, Takiyüddin'in (sağda) rasathaneyi kurmadan önce kısa bir süre Galata Kulesi'nde çalıştığı tahmin edilir. Daha sonra yeri bugün de tam olarak tesbit edilemeyen bir yerde, bir gözlem kulesi ve / veya bir gözlem kuyusu yapılmıştır. Alatü'r-Rasadiyye'ye göre rasathane için, "miri Tophane-i mamurenin fevkinde Frenk Sarayı denmekle maruf saha-i latife muayyen kılınıp mübaşeret olunmuştur".

1573-1581 arasında İstanbul'daki Nemçe (Alman) elçisi Von Ungnad'ın maiyetinde sefaret papazı olan S. Gerlach'a ve halefi S. Schweigger'e göre, Rasathane, Galata dışında mukim Venedikli Andreas Gritt adlı birinin konağının bahçesindeydi ve sadece bir kuyudan ibaretti. Evliya Çelebi'nin "Tophane civarındaki Samsurrhane denilen yerde Müneccimbaşı Kuyusu Mesiresi" diye andığı 'çarh-ı rasad'ın yani gözlem kuyusunun Çelebi'nin dediği gibi Tophane'de değil de Taksim'de (ya da araştırmacı Mortdmann'ın iddia ettiği gibi Ayaspaşa'da) olmasını muhtemel bulanlar da vardır. Ancak en güçlü ihtimal, İstanbul Rasathanesi'nin şimdiki Galatasaray Lisesi'nin civarında olmasıdır.