1798 yılında Napolyon ordusu ve bilim heyeti ile birlikte 50 savaş gemisi eşliğinde Fransa’nın Toulon şehrinden Akdeniz’e açıldı. Napolyon Akdeniz üzerinden Mısır’a giderken ilk önce Malta Adası’nı ele geçirdi. Bu sırada İngilizler Napolyon’u Akdeniz’de aramaktaydı. İngilizler Napolyon’u ararken Mısır yönetimine Napolyon’un ordusuyla istila için gelmekte olduğunu haber verseler de Mısırlılar İngilizlere inanmadı ve hazırlık yapmadılar. 1798 yılının temmuz ayında Napolyon İskenderiye yakınlarına ordu çıkardı ve İskenderiye Kalesi’ne hücum etti.

Napolyon İskenderiye kalesini kısa zaman içinde ele geçirdi. Bu kaleyi aldıktan sonra Napolyon o bölgede yaşayan halka istila için gelmediğini söylediğini. Napolyon amacının Kölemenlerin yaptığı zulme son vermek olduğunu söyledi. Ayrıca Müslümanlığa, Kur’an – ı Kerim’e ve Hz. Muhammed’e büyük saygısı olduğunu bildirdi. Fransızlara karşı konulmadığı sürece Napolyon herkesin huzur içinde yaşayabileceğini bildirdi. Bu gelişmelerden sonra İskenderiye Napolyon’a teslim edildi. Napolyon İskenderiye’yi ele geçirdikten sonra Kahire’ye doğru yola koyuldu. Napolyon’un İskenderiye’yi almış olması Mısır’ın genelinde büyük bir tedirginliğe yol açtı.  Mısır Valisi Ebubekir Paşa ile Kölemen beylerinin önde gelenlerinden Murat Bey ve İbrahim Bey önderliğinde büyük bir divan kuruldu. Kurulan bu divanda Napolyon’a karşı birleşerek bir ordu kurma kararı alındı. Bu ordunun başına ise Murat bey geçecekti. Murat Bey emrindeki ordu ile Napolyon’a Rahmaniye civarında ilk saldırısını gerçekleştirdi ancak yenilgi ile geri çekildi. Napolyon ve ordusu Kahire’ye doğru ilerlemeye devam ediyordu.