Musul'u teslim alan Musa, evine dönmek üzereyken Çökürmüş'ün kendi yönetimindeki Nusaybin'i işgal ettiğini haber aldı. Musa Nusaybin'i geri almak istedi ancak başaramadı. Bunun üzerine Artuklu hükümdarı Sökmen'i yardıma çağıran Musa, karşılığında Hasankeyf kalesi ve 10 bin dinar vaad etti. Her dönem herkesin iştahını kabartan Hasankeyf'e bu kadar kolay sahip olabileceğine ihtimal vermeyen Sökmen, teklifi kabul ederek Musa'nın yardımına koştu. Hasankeyf'e gelerek kenti aldı.

Böylece Hasankeyf için yeni ve parlak bir dönemin de kapısını açtı. Artuklular kentte büyük mimari yatırım yaptılar. Hasankeyfin Osmanlı yönetimine geçmesini Eyyubiler ve Safevilerin arasındaki anlaşmazlığa bağlamak mümkün. 1500'lü yıllarda Eyyubi hükümdarı Melik Halil, Safevi hükümdarı Şah İsmail'in damadıydı. Ama yine de Safeviler sevmezdi onu. Aşiret liderlerinin kavgasında iki hükümdar karşı karşıya kalınca, Melik Halil Osmanlı müttefiki oldu. Yavuz Sultan Selim'in bu bölgeye yaptığı sefer sırasında Eyyubi komutan İdris Bitlisi Osmanlılardan önce davranarak Hasankeyf kalesini çevirdi.

Surdan içeri girmeyi başaran Eyyubiler savaşmadan kaleyi teslim aldı. Kalenin yönetimi Osmanlılar tarafından Melik Halil'e verildi. Ancak Melik Halil'in ölümünden sonra Osmanlı Beylerbeyi Hüsrev Paşa kalenin yönetimini aldı. Ve Hasankeyf tamamen Osmanlı sancağı oldu.