Lazer ışınlarını emen hücrelerdeki sıcaklık artmaya başlar. Sıcaklık 60 dereceye ulaştığında hücrelerde protein yıkımı olur. Sıcaklık 60-100 derece arasında olduğunda hücre ölümü meydana gelir. Sıcaklık 100 derecenin üzerine çıktığındaysa dokular karbonlaşır ve buharlaşma meydana gelir. Bu etki, etin kızgın bir tavada kızarmasına benzetilebilir.

Dokulardaki uzun zincirler halinde bulunan proteinlerin hızla kırılmasını sağlar. Bu tür lazerler, dokularda çok ince kesiklerin oluşturulması için yani bir tür mikrobıçak olarak kullanılır. Göz ameliyatlarında sıklıkla kullanılan excimer lazer bu özelliğe sahiptir. Fotoionizan etkiyse, yüksek enerjili lazer ışınlarının, temas ettiği moleküllerin elektronlarını ayırmasıdır. Moleküllerden ayrılan elektronların oluşturduğu kabarcık aniden genişleyerek patlar. Kabarcığın patlamasıyla oluşan akustik şok dalgası dokunun parçalanmasına yol açar. Bu prensibi kullanarak etki eden neodimyum-YAG lazer göz içindeki sıvıda (vitröz sıvı) oluşan zarların yok edilmesinde kullanılır.