İran ordusunun zayıflamasıyla, coğrafyada söz sahibi olmaya başlayan Özbekler ile başa çıkamayacağını düşünen Babür, bu bölgeye hâkim olma hayalinden vazgeçerek, bir zamanlar Timur’un kontrolünde olan Hindistan’a yönelmeye başlamış ve ordusunu büyük seferler için hazırlamaya başlamıştır.

“Özbekler tekrar Mâverâünnehr’de güçlendiler ve Bâbürlülere karşı tutumlarını sertleştirdiler. Bâbür artık Semerkant’ta tutunamayacağını anladı. Bu sebeple şansını Afganistan’da merkezi Kabil olmak üzere yeni bir devlet teşkili için denedi ve bunda da muvaffak oldu”.

Babür, Hindistan’ın zaptı için en önemli üs olarak gördüğü Afganistan’da kendini saldırılara karşı güvende hissedeceği bir egemenlik kuramadığından, öncelikle olası bir isyan veya saldırı hazırlığında bulanabileceğini öngördüğü asi beyleri sindirme işleriyle uğraşmıştır. Ardından ise yönünü stratejik önemi yüksek olan Kandahar üzerine çevirmiştir. 1517 yılında Kandahar’a ilk seferini gerçekleştirse de, başarısız olup geri dönmüştür.