Hititler, Frigler, Lidyalılar, Dorlar, İonlar, Persler, Makedonlar, Bergama Krallığı, Romalılar, Menteşeoğulları Beyliği, Selçuklular ve Osmanlının izleri mevcuttur.

Bölgenin eski adı Karya(Caria)'dır. Başkenti Mylasa (Milas)'dır. Diğer kurulan şehirlerin adları Stratonikeia (Yatağan), Halikarnassos (Bodrum), Idyma (Ula), Labranda, Kyramus, Mobella, Mobolia veya Mogola'dır.
Hititler zamanında adı Lugga'dır.

Türklerin bölgeyi ele geçirmesiyle adı Menteşe olur. Zira bölgeyi alan kişi uç beyi Menteşe Bey'dir.
Selçuklular zamanında Sultan Kılıçarslanın komutanlarından Muğlu Bey bölgede hakimdir.
Osmanlı döneminde Menteşe Sancağı önce Kütahya daha sonra Aydın Eyalatine bağlıdır.
1923 yında il ve adı Muğla olur. Muğlu Bey nedeniyle bu ad verilmiş olabileceği ya da Mobella, Mobolia veya Mogola kelimelerinin dönüşmesiyle oluşmuş olabileceği söylenir.