Dokuların lazer ışınlarına geçirgenliği de bu ışınların oluşturduğu etkiyi belirleyen bir unsurdur. Örneğin karbondioksit lazerin enerjisi, dokulardaki su tarafından büyük ölçüde emilir. Dokuların büyük kısmı sudan oluştuğu için, karbondioksit lazer dokuya temas ettiğinde enerjisini hemen kaybetmeye başlar ve dokulara ancak 0,1 mm derinliğe kadar nüfuz eder. Bu nedenle karbondioksit lazer yüzeysel dokuların kesilmesi veya yakılmasında kullanılır. Karbondioksit lazerden genellikle dermatolojide cilt yaralarının tedavisinde yararlanılır.

Buna karşın neodimyum-YAG lazer, dokularda çok daha derin bir etki oluşturur. Bunun sebebi neodimyum-YAG lazere karşı dokuların geçirgenliğinin daha yüksek olmasıdır. Su veya kan tarafından enerjisi emilmeyen neodimyum-YAG lazer, dokularda 5 mm derinliğe kadar ulaşır. Fiberoptik cihazlardan rahatlıkla geçirilebilen bu lazer türü, endoskopik yani kapalı cerrahide kullanılabiliyor. Endoskopik cihazlarla vücut içerisine gönderilen lazer ışınlarıyla ulaşılması zor bölgelerdeki dokular kesilebilir veya yakılabilir.

Vücut içerisindeki tümörlerin yok edilmesi, damar hasarlarının onarılması, büyümüş prostat bezinin tedavisinde neodimyum-YAG, holmium ve KTP (potasyum titanil fosfat) lazerleri kullanılır. Kısaca, kullanılacak lazerin türü, ameliyat edilecek bölgenin yerine, dokunun özelliğine ve istenilen etkiye (kesme veya yakma gibi) göre belirlenir.