Din cephesinden ilk saldırı Tommaso Caccini adlı bir genç papazdan geldi. Papaz yerleşik öğeleri savunmadan bütün olayları anlamaya çalışmanı n ahlaklı olduğunu söylüyordu. Bir başka peder konuyu Roma Engizisyonu'na götürdü. Engizisyoncular Kopernik öğretilerini aptalca ve sapkın buldu ve Kopernikçi yaklaşımın dillendirilmemesi ve tartışılmaması talimatı verildi. Aksi halde Galileo hapse atılacaktı. Karar Galileo'ya Kardinal Bellarmine tarafından bildirildi. Galileo kararı itirazsız kabul etti. Galileo'nun kitapları yasaklanmamış ama "dünya dönüyor" demek yasaklanıştı. Budan sonra Galileo bir süre pratik bilime yöneldi.

Mikroskop ile çalıştı ve böceklerin büyütülmüş görüntülerini inceledi. Ancak 1618'de geçen üç kuyruklu yıldızdan sonra ortaya atılan yanlış fikirler ve yeni bir Papa'nın gelmesi üzerine astronomiye yeniden döndü. İsim zikretmeden Kopernik Aristotales ve kendi görüşlerini tartışan üç karakterin anlatıldığı "İki Büyük Dünya Sistemi Hakkında Dialoglar" adlı bir kitap yazmaya başladı. Tartışmalar varsayımlar üzerinden ilerliyor ve kesin bir karara bağlanıyordu.

Düşünce yasağı ve ömür boyu hapis

1629'da kitabı tamamlamasına rağmen Vatikan'dan izin geç geldi ve 1632'de yayınlandı. Aynı yıl içide Engizisyon yayını yasakladı. 1633’te Engizisyon önünde kendini savunması için Roma'ya çağırıldı. Yeni Papa, Urbanus'un görüşleri sandığının tam tersine idi. Yargılama 12 Nisan'da başladı. Mahkeme 1616'da Galileo'ya dünyanın hareketlerini tartışmaması emrinin verildiğini ileri sürüyordu. Oysaki karar öyle değildi.

Ayrıca kitapta herhangi bir görüş benimsenip savunulmuyor herhangi bir sonuca bağlanmıyordu. Yani Galileo insanları düşünmeye sevketmek istiyor, engizisyoncularsa bu konuda düşünmeyi yasaklamak istiyordu. Hukuken Galileo'nun kazanması gereken davadan eserin yasaklanması ve Galileo'nun ömürboyu hapsi kararı çıktı. Yaşı ve hastalıkları sebebiyle ev hapsine mahküm edilmesi kararlaştırıldı. 1642'de evinde öldü. Geride ise üzerine çıkmak için çok sağlam ve yüksek omuzlar bıraktı.