Ebubekir Efendi'nin Capetown'da kurduğu okulun en önemli sorunu ders kitabıydı. Bu sorunu çözüm biçimi, Ebubekir Efendi'nin girişimci kişiliğinin ilginç bir örneğidir. Osmanlı medreselerinde okutulan bazı ders kitaplarını yerel dile (Afrikanca'ya) çeviren Ebubekir Efendi, bu kitapları okuma yazması olan kimi öğrencileri aracılığıyla çoğaltır. Bunlardan Beyânü'd-din ve Merâsidüd'din adlı kitaplarının basımı için 1876'da, İstanbul'da Osmanlı Maarif Nezareti'ne başvurur.

Ancak Maarif Nezareti, yaptığı bir hesapla bunun 65 bin kuruşa çıkabileceğini, bu tutarın da maliye için çok külfetli olduğunu bildirir. Bu karar Meclisi Vükela tarafından kabul edilerek kitaplar basılmaz. Bunun üzerine İstanbul'a gelen Ebubekir Efendi, yaptığı hesaplamalarla bu kitapların toplam 23 bin 660 kuruşa basılabileceğini ortaya koyar. Ekim 1877'de, Osmanlı-Rus Savaşı'nın (93 Harbi) en acı günlerinde, kitapların 3 bin adet basılmalarını sağlar.

Ebubekir Efendi, Güney Afrika'da iki kez evlenir. İkinci evliliğinden Ahmet Ataullah, Hişam, Nimetullah, Muhammed, Alaaddin, Ömer Celaleddin ve Hüseyin Fevzi adında beş oğul ve 33 torun sahibi olur. 29 Ağustos 1880'de Capetown'da vefatına kadar, 'muallim ve müderris olarak' yüklendiği görevleri, ilk günlerin heyecanıyla sürdürür. Bugün Güney Afrika Hükümeti, Capetown'a bakan bir tepedeki Müslüman mezarlığında yatmakta olan Ebubekir Efendi'nin ilk evini ve okulunu, 'Ebubekir Efendi Müzesi' haline getirmiştir. Burada Ebubekir Efendi'nin özel eşyaları, ona verilen nişanlar, çalışmalarına ilişkin belgeler, başta 'Vakit' gazetesi olmak üzere, İstanbul'dan kendisine gönderilmiş olan gazeteler sergilemektedir.